Ondertussen heeft Cesare Borgia zich ontpopt als een geduchte veldheer en als hertog van Romagna – een titel die hij uiteraard van z’n vader heeft gekregen – probeert hij het lappen deken van graafschappen, hertogdommen en onafhankelijke steden in het noorden van Italië tot één vorstendom te verenigen, waarbij hij kan rekenen op de hulp van de Franse koning in ruil voor de pauselijke zegen over de Franse aanspraken op het koninkrijk Napels ten zuiden van De Pauselijke Staten. Dat gebied wordt evenwel opgeëist door de Spaanse kroon, die sinds de ontdekkingen van Christophorus Colombus aan de andere kant van de Atlantische Oceaan over schijnbaar oneindige financiële middelen beschikt om z’n aanspraken militair te ondersteunen. Van hun dispuut maakt Cesare handig gebruik om de Franse koning tot medewerking te dwingen, want die kan Napels alleen maar bereiken via de Pauselijke Staten en dus na instemming van de paus in Rome. Met de hulp van Franse hulptroepen slaagt Cesare erin om een aanzienlijk grondgebied ten noorden van Toscane onder controle te krijgen en z’n vijanden in Venetië en Florence op afstand te houden, terwijl hij er niet voor terugschrikt om ook de Spaanse koning z’n bondgenoot te noemen als hem dat uitkomt. Cesare droomt ervan om de keizer van een nieuw rijk te worden, want sinds de gezondheid van Alexander VI een flinke deuk heeft gekregen, ziet hij zichzelf niet alleen als de enige persoon die het Borgia-imperium in stand kan houden, maar ook als dé nieuwe toekomstige machtsfactor in Europa.

Maar Cesare vergist zich als hij meent de enige te zijn die het nieuwe koninkrijk - en wie weet misschien zelfs keizerrijk - vorm geeft, want in Rome houdt Alexander VI de gang van zaken van zeer nabij in het oog en aarzelt niet om z’n dochter Lucrezia opnieuw uit te huwelijken om mogelijke politieke vijanden te neutraliseren en zelfs inschattingsfouten van Cesare recht te zetten, waarbij het elke keer opnieuw om geld gaat, want de pauselijke schatkist is bijna voordurend leeg terwijl de veldslagen van Cesare fortuinen kosten. Maar zo lang Cesare aan de winnende hand is, houdt Alexander VI hem de hand boven het hoofd, zij het steeds minder nadrukkelijk, want de gezondheid van de paus gaat zienderogen achteruit en als hij op een dag het tijdelijke voor het eeuwige verwisselt, moet Cesare z’n troepen in de buurt van Rome stationeren om invloed te krijgen op de keuze van de nieuwe paus. Kardinaal Giuliano della Rovere, al sinds de verkiezing van Alexander VI de gezworen vijand van de Borgia-familie, is in het geheim naar Rome teruggekeerd om zich tot paus te laten verkiezen, maar uiteraard heeft Cesare z’n eigen mannetje voor die functie uitgezocht en omdat hij kan rekenen op de steun van de Spaanse kardinalen - ondertussen vormen zij een meerderheid in het kardinaalscollege – is hij gerust in de uitkomst van de pausverkiezing. Maar Della Rovere heeft een verrassing voor Cesare in petto en de dag nadien wordt hij als paus Julius II het nieuwe hoofd van de katholieke kerk. Cesare had geen keuze, maar ondanks de garanties die hij van Della Rover afdwingt, wordt de affaire z’n ondergang en bij uitbreiding die van de Borgia-clan in Rome…

Voor het derde seizoen van Borgia zijn twee nieuwe regisseurs aangetrokken en dat valt meteen op, want de scènes zijn korter geknipt dan in de beide vorige seizoenen terwijl de aandacht minstens voor de helft is verschoven van Rodrigo Borgia naar zijn zoon Cesare en in mindere mate naar Lucrezia, met als directe gevolg dat de gemoedelijke voortgang plaats heeft gemaakt voor een hoger tempo dat beter past bij de militaire operaties van Cesare Borgia dan bij het eerder gemoedelijke en ceremoniële gangetje in het Vaticaan. Wegens zijn epileptische aanvallen heeft Alexander VI veel van zijn oerkracht verloren, terwijl Cesare vooral na 1491 goed op dreef lijkt te komen en meent de contouren van het post-Alexander-tijdperk perfect in beeld te kunnen brengen. De historische ontwikkelingen pleiten in zijn voordeel, want hij dwingt steden als Imola, Rimini, Ravenna, Forli en Faenza via een vermetel spel van list en intrige om zich gewoon over te geven terwijl hij in andere gevallen handig gebruik weet te maken van een kleine groep huurlingen om z’n doel te bereiken waarbij hij plunderingen en grote vernielingen poogt te vermijden en zelfs een humaan regime installeert om de bewoners van zijn goede bedoelingen te overtuigen. Het werkt, zij het met af en toe een terugval, en zo lang hij het succes aan z’n kant heeft, is de operatie één grote pr-stunt waarmee hij z’n doel lijkt te bereiken.

Mark Ryder speelt de rol van Cesare Borgia met overgave, maar het personage is niet spectaculair interessant als individu en de contouren van Cesare Borgia zijn in de beide vorige seizoenen eigenlijk al helemaal uitgetekend. Ryder is ook een veel minder grote acteur dan John Doman die elke scène domineert waarin hij te zien is, en zelfs Isolda Dychauk slaagt erin om een betere indruk te maken nu ze meer screentijd krijgt. Haar personage Lucrezia is intrigerend en veelzijdig en als echtgenote van Alfonso d’Este, prins van Ferrara, zou Lucrezia erin slagen om onder de vloek uit te komen die op de Borgia-familie rust en, ondanks een echtgenoot die alleen maar interesse had voor wapengekletter en bordelen, van Ferrara een van de belangrijkste kunststeden van het toenmalige Europa te maken, een verdienste die buiten de context van deze serie valt, maar die de makers zeer nadrukkelijk in Borgia 3 zichtbaar maken in de schrandere manier waarop ze met vriend en vijand omgaat tijdens het pausschap van haar vader en tijdens haar eerste jaren aan het hof van Ferrara. Zij zou uiteindelijk in het kraambed sterven bij de geboorte van haar achtste kind.

Om de concurrentie van The Borgias seizoen 3 te counteren – die serie ligt op hetzelfde moment in de winkelrekken – hebben de makers niet alleen een flinke portie oorlog- en ander geweld toegevoegd, maar ook een flinke portie seks en weinig verhullend naakt, waarbij de zoektocht van Lucrecia Borgia in het Romeinse bordeel flink gestoffeerd is met opnamen die zo uit de Kamasutra lijken te zijn geplukt. Voor de adembenemende buitenscènes is opnieuw een beroep gedaan op special effects en aantrekkelijke locaties in Tsjechië. Als de grandeur van Rome en het Vaticaan in belangrijke mate naar de achtergrond zijn verschoven, dan is er des te meer aandacht besteed aan de kleine provinciesteden die destijds qua culturele ontwikkeling niet onder moesten doen voor de grote renaissancesteden.